Když v roce 1253 sv. Klára zemřela, bylo její tělo pohřbeno nejprve v kostele sv. Jiří, potom v chrámě jí zasvěceném. Roku 1850 byl hrob otevřen a ostatky vystaveny úctě věřících.

V Biskupském archivu v Assisi se nachází zpráva o nálezu ostatků sv. Kláry ze dne 23. září 1850, v níž je zaznamenáno, že skelet ležel ve vlhkém prostředí, a proto byl poškozen, což je zvlášť patrno na kostech rukou a nohou. Rozpadlá byla i hrudní kost, některá žebra a obratle. Barva skeletu byla popsána jako kaštanově hnědá.

Ze strachu před ještě horším rozpadem předala matka Chiara Colomba Angeli ostatky svaté Kláry známému odborníkovi v práci s ostatky, Římanu M. Scevolimu. Kosti byly odborným postupem zpevněny, chybějící kosti doplněny voskem a obaleny vatou a dány do kovové sítě mající formu těla.

Roku 1872 byla Klára oblečena do vzácné látky a položena do mosazné urny, která se nacházela v kryptě.

Při příležitosti 700. výročí úmrtí světice byl vyměněn šat ze sametu za hábit chudé sestry. Z tohoto důvodu byly ostatky na několik dní z urny vyňaty (7.-10. srpna 1953).

Při nové konservaci těla svatá Kláry (1986-1987) zhotovil dr. Benedettucci sádrový otisk a nově vytvořil formu obličeje světice. Obličej byl oválný, ne zcela symetrický, s vystouplými lícními kostmi a výraznou dolní čelistí. Vypovídá o osobnosti světice; zrcadlí něco z upřímnosti a rozhodnosti ženy, která byla zapálená, něžná, citlivá, jemná a vyrovnaná, jejíž vlastnosti vytvořily krásu její osobnosti.

Z původního skeletu nám dodnes zůstalo zachováno 57 kostí.

Od roku 1986 do roku 1992 probíhalo restaurování také původních františkánských relikvií, jež jsou v současnosti k dispozici věřícím k nahlédnutí ve spodní části chrámu sv. Kláry. Uchovává se zde např.: hábit sv. Kláry s provazem a pláštěm; hábit a provaz sv. Františka; schvalovací Bula „Způsobu života Chudých sester“; Privilegium chudoby; několik chomáčků vlasů sv. Kláry; ornát vyšívaný sv. Klárou; kapuce a část hábitu bl. Rufína; mříž od sv. Damiána, kudy se podávalo sv. přijímání.