V některých starých kronikách se uvádí, že minority z Itálie do Jihlavy přivedl král Přemysl Otakar I. v roce 1221, což by znamenalo, že to byl jejich první řeholní dům na Moravě. Jisté je, že klášter minoritů stál roku 1243. Několikrát také vyhořel. Pro nedostatek financí na provoz byl obýván jen malým počtem bratří, ale po stavovském povstání roku 1620 byli i oni vyhnáni. Po bitvě na Bílé hoře se opět ujímají kláštera a do konventu  pozvolna přicházejí bratři většinou  z ciziny. 10. 9. 1784 povýšil císař Josef II. kostel Nanebevzetí Panny Marie na farní kostel, správu přebírá diecézní kněz a asi pět minoritů zde slouží jako kaplani. V roce 1800 byla správa předána opět minoritům, a tento stav trval až do roku 1948. V roce 1951 byl klášter zrušen, v Jihlavě zůstal pouze stařičký P. Cyril Janota, který zde působil jako kaplan až do své smrti 9. 1. 1955. Pochován je společně s jinými řeholními bratřími na ústředním hřbitově v Jihlavě. Od r. 1951 až do r. 1998 byla farnost spravována diecézními kněžími.

Budova kláštera po r. 1951 sloužila jako ubytovna různých institucí.  Po roce 1989 získala církev budovu zpět a byla zde zřízena Střední odborná škola sociální, která využívala budovu v letech 1990-2002, několik let zde byla i Základní křesťanská škola.

V r. 1998 přichází do Jihlavy opět minorité z Polska. Část budovy nyní obývají Milosrdné sestry III. řádu sv. Františka z Assisi, které se sem vrátily po mnohaleté přestávce v r. 2003. V současné době zde působí 3 minorité a 4 řeholní sestry.

V budovách obou klášterů mají své klubovny různá společenství: společenství maminek, senioři, FrMol, SFŘ, chrámový sbor aj.

Minorité spravují kostel Nanebevzetí Panny Marie, který byl postaven kolem r. 1250 původně ve slohu románském, po požárů přestavěn v letech 1353-55 ve slohu gotickém. Kostel je nezvykle orientován k jihu – k Assisi, rodišti sv. Františka. Hlavní vchod se nachází na severní straně z ulice Matky Boží. Jedná se o trojlodní baziliku podobnou dominikánskému kostelu v Kremži a minoritskému kostelu ve Steinu. Charakteristickou pro vnější siluetu kostela je osmiboká věžička, technickou zajímavostí je, že nemá vlastní základy a je postavena na křížení dvou lodí. K nejzachovalejším freskám z období konce 13. až začátku 16. stol. patří díky restaurování freska na pravé straně v presbytáři znázorňující přepadení Jihlavy loupeživými rytíři r. 1420, kterému zabránili svou duchapřítomností minoritští bratři. V bočních lodích jsou oltáře s obrazy sv. Františka z Assisi a sv. Antonína Paduánského.

Bohoslužby jsou v pondělí až sobotu v 7 a 17 hod, v neděli v 8, 10 a 17 hod., každý pátek je celodenní výstav Nejsvětější svátosti a příležitost ke svátosti smíření. Kostel je po celý den otevřený.