Město Cortona leží v Toskánsku na svahu hory Monte Sant' Egidio a jeho vznik se datuje do etruské doby do 8. až 7. století před Kristem. Na jeho nejvyšším místě se nachází bazilika sv. Markéty z Cortony, kajícnice 3. řádu.

Stavba původního kostela byla započata v roce 1297 po Markétině smrti. Kostel byl dokončen v roce 1330, tehdy tam byly také uloženy Markétiny ostatky. Tento kostel byl jednolodní a v roce 1738 byl rozšířen o příčnou loď.

Současný kostel pochází z poloviny 19. století, kdy byl původní kostel zbořen a nahrazen novým s jednou hlavní lodí a dvěma loděmi postranními.

Uvnitř kostela je velmi významná hrobka z roku 1360, do které však Markéta nikdy nebyla pohřbena. Její tělo je možno spatřit neporušené v hlavním oltáři. Vpravo nad oltářem je dřevěný kříž, před kterým se Markéta obrátila. Datuje se před rok 1200.

Kostel spravují od roku 1392 menší bratři. Od roku 1997 zde také pracují Františkánské misionářky od Dítěte Ježíše.