Poutní kostel San Damiano stojí uprostřed oliv v údolí nedaleko Assisi. Zde se odehrálo Františkovo obrácení před křížem.

Když šel kolem kostelíčka svatého Damiána, zaslechl vnitřní hlas, aby vešel a pomodlil se. Vstoupil tam tedy a před obrazem Ukřižovaného se začal vroucně modlit. a  tu ho Ukřižovaný mile a přívětivě oslovil: »Františku, což nevidíš, že se můj dům rozpadá? Jdi a oprav jej.« On se otřásl hrůzou a řekl: »Ochotně tak učiním, Pane!« Myslil si, že se to týká toho kostelíka, který byl stářím už na spadnutí. Po té rozmluvě ho naplnila tak veliká radost a osvítilo ho takové světlo, že v duši nabyl přesvědčení, že k němu opravdu mluvil Kristus.

(Legenda tří druhů, 13)

Kopii tohoto kříže - byzantské ikony - můžeme vidět v kostelíku San Damiano dodnes.

Tento kostelík byl postaven jako kaple mezi 7. a 8. stoletím na základech ještě starší stavby. Na počátku 13. století byl kostel dost zanedbaný. František ho na výzvu Ukřižovaného opravil (1206) a krátce zde i žil. Později František tento kostel věnoval sv. Kláře a jejím sestrám. Tak zde vznikl první klášter sv. Kláry a jejích sester (1211) Sv. Klára zde prožila 42 let až do své smrti 11. srpna 1253. Zde také sv. František kolem roku 1225, poznamenaný stigmaty a skoro slepý, složil Chvalozpěv stvoření. Klarisky klášter opustily roku 1260 a toto místo zůstalo opuštěné až do 16. století, kdy bratři přestavěli a zvětšili klášter. V době náboženského útlaku v roce 1860 koupil San Damiano anglický lord Ripon. Po více než sto letech v roce 1983 dědicové lorda Ripona darovali majetek církvi a klášter menším bratřím. Dnes je San Damiano sídlem noviciátu bratří františkánů.

Klášterní dvůr tedy pochází z 16. století.

V přízemí kláštera je také k vidění refektář, kde sv. Klára a její sestry jedly. Místo, kde sv. Klára sedávala, je ozdobeno květinou.

Stejně i v dormitáři v patře kláštera, kde sestry společně spaly, je místo, kde spala a později zemřela sv. Klára, označeno květinou.

Chvalozpěvu stvoření, který zde František složil, je věnovaná krásná zahrada kláštera, do které je však možno nahlédnout jen úzkým průhledem.