Dominantou městečka je bazilika sv. Františka. Zvláštností této baziliky je, že je vlastně třípatrová. Nejvyšší patro tvoří tzv. Basilica Superiore, vyzdobená mimo jiné známými Giottovými freskami zobrazujícími zejména výjevy ze života sv. Františka, nižší Basilica Inferiore s Giottovými freskami s tématikou Kristova života a nejspodnější je krypta s hrobkou sv. Františka. Stavba baziliky byla započata roku 1228 a bazilika Inferiore byla dokončena v roce 1230. Bazilika Superiore však byla dokončena a vysvěcena osobně papežem Innocencem IV. až v roce 1253.

Tělo sv. Františka bylo nejdříve uloženo čtyři roky v kostele sv. Jiří a teprve 25. května 1230 bylo umístěno pod hlavní oltář v bazilice Inferiore. Tehdy byla hrobka přístupná chodbou z chóru baziliky. Chodba byla zazděna roku 1476, aby se zabránilo pokusům o odnesení těla sv. Františka. Hrobka byla znovuobjevena 2. prosince 1818. Ostatky sv. Františka byly prozkoumány a hrobka byla mezi lety 1822 a 1824 upravena a zpřístupněna. Současná podoba hrobky je z let 1926 až 1932 od architekta Ugo Tarchi.

Vedle sv. Františka jsou pohřbeni i čtyři jeho nejvěrnější přátelé: br. Masseo, br. Anděl, br. Ruffino a br. Lev.